London, 3. September 1939. Soeben ist der Zweite Weltkrieg ausgebrochen. Sigmund Freud ist mit seiner Tochter Anna Freud vor dem Nazi-Regime aus Wien geflohen. Anna, selbst Psychoanalytikerin, unterstützt ihren Vater bedingungslos, kämpft aber auch um die Anerkennung ihrer eigenen Bedürfnisse. Wenige Tage vor seinem Tod stattet ein Gelehrter vom College der University of Oxford Freud einen Besuch ab: C.S. Lewis, der später mit „Die Chroniken von Narnia“ Weltruhm erlangen wird. An diesem Tag liefern sich zwei große Denker des zwanzigsten Jahrhunderts einen kontroversen Diskurs über Liebe, den Glauben, die Zukunft der Menschheit und die für sie alles entscheidende Frage: Gibt es einen Gott?
Basierend auf einem fiktiven Treffen zweier großer Denker verwebt "Freud – Jenseits des Glaubens" Vergangenheit, Gegenwart und Fantasie und bricht aus der Enge von Freuds Arbeitszimmer auf zu einer dynamischen Reise mit Gesprächen über das Diesseits und das Jenseits. Aus dem historischen Moment des Films heraus spiegeln sich auch aktuelle Konflikte wider.